你需要先通关口袋妖怪火红的一周目，也就是打败四天王成为冠军后，确保你捕捉了至少60只宝可梦，这样博士才会在研究所帮你升级图鉴。去枯叶市的码头坐船出发，就能到达第一岛了。在那里，直奔岛屿上的实验室，跟研究员对话拿到三个岛的通行证，这样你就能自由前往其他岛屿探索了。这个步骤是开启七岛冒险的关键，别急着离开，好好检查背包哦。
拿到通行证后，坐船去第二岛，你会遇到一个焦急的父亲，他的女儿走丢了，请求你帮忙找回。接受任务后，立刻前往第三岛，那里有群暴走族挡路，打败他们就能安全通过。接着进入岛上的森林深处，找到小女孩时，她正被一只精灵吓得不轻，赶紧打败或收服那只精灵救她出来。带她回第二岛交还给父亲，作为感谢，你会得到一块月之石，这可是个实用的奖励呢。
完成找回女儿的任务后，转向第四岛，刚下船可能遇到小毛的提示。探索岛屿时，重点在火山区域：顺着山路往上走，在叉路口右转，会发现火箭队成员在讨论什么，击败他们后进入山洞，就能找到红宝石。但火箭队阴魂不散，抢走宝石前会留下一个密码，一定要记下来，后面有大用。这里地形有点绕，多存档以防万一。
接下来去第五岛，向左走会遇到一位老伯，跟他聊天可能拿到一个蛋。岛上有个火箭队仓库，用之前记下的密码开门进去，里面满是敌人，逐个打败他们就能夺回被抢的蓝宝石。拿到后别耽搁，回第一岛找研究员上交蓝宝石，这会开通两个地区的通讯功能，让你的冒险更顺畅。如果路上遇到训练家挑战，别怕，你的队伍应该已经很强了。
前往第六岛和第七岛收尾剧情。在第六岛的洞穴深处探索时，小心火箭队残党，彻底击败他们就能瓦解火箭队的阴谋。然后去第七岛，那里有个特殊洞穴需要推动石头到位，完成后就能捕捉未知图腾了。整个过程虽然有点长，但一步步来就很轻松。完成后，整个七岛剧情就圆满结束，你可以继续挑战其他内容啦。
