全民奇迹2的技能指令主要通过游戏内的技能装配界面进行操作。玩家需要在主界面下方找到技能按钮并点击进入，在此界面可以看到所有已解锁的技能。每个角色根据职业和等级不同，拥有的技能数量和种类有所差异。技能装配采用拖拽方式，玩家可以按住技能按钮并拖动到技能栏的指定位置。游戏为玩家提供了三个主动技能槽位，需要根据职业特性进行合理搭配。
战士职业的技能指令以近战输出和控制为主，常见的连招顺序为血之光辉起手提升生命值上限，接无畏冲锋突进接近敌人，随后使用致命一击和回旋斩进行爆发输出，最后以裂地斩减速敌人完成连招。法师职业则注重远程输出和控制，典型指令组合是先释放风暴气旋减速敌人，接陨石召唤进行远程消耗，在敌人接近时使用魂之守护获得护盾，最后以黑龙波和爆裂火焰打出高额伤害。弓箭手职业的指令更侧重持续输出，常用英勇之力提升攻击力后召唤战宠干扰敌人，再使用穿刺之箭和多重射击进行输出。
技能升级是技能指令强化的关键环节，需要消耗金币提升技能等级。不同技能之间存在连招配合机制，部分技能可以触发其他技能的特殊效果，或在特定状态下获得额外加成。玩家需要通过实践摸索最佳技能组合，例如战士的压制技能可以配合狂化提升效果，法师的冰霜新星能与烈焰风暴形成元素联动。技能指令的释放时机和顺序直接影响战斗效率，过早或过晚使用关键技能都会影响输出节奏。
PVE和PVP场景下的技能指令选择存在明显差异。PVE环境下，战士推荐携带压制、狂化、冲撞等单体输出技能；法师需要优先选择极射光线、风暴气旋等范围伤害技能；弓箭手则以放箭作为核心输出指令。PVP对抗中，战士需保留闪避技能应对控制，法师要掌握时空闪烁的位移时机，弓箭手则要合理运用回旋踢的冰冻效果。职业转职后技能指令会产生变化，例如魔剑士的驭剑魔使分支拥有与剑魂协同作战的特殊指令。
精灵系统为技能指令提供了额外补充，目前每个精灵最多可装配六个基本技能和两个特殊技能。基础技能数量与精灵等级相关，特殊技能需要精灵达到指定星级才能解锁。精灵技能与角色技能指令可以形成配合，例如部分精灵技能可提供控制效果为角色创造输出环境。玩家需要根据当前培养的精灵类型调整角色技能指令，形成更高效的战斗循环。
