在编辑舰队时，首先要明确每艘舰船的定位和功能。舰船大致分为输出、防御、修复、防空和载机五种类型，一支完整的舰队需要包含这些功能的舰船。前排通常安排防御型舰船吸收伤害，中后排则配置高火力舰船作为主力输出。注意舰船的移动速度会影响整个舰队的机动性，建议将速度相近的舰船编入同一舰队。大型舰船如战巡和航母占用指挥值较高，可以通过增援功能突破指挥值限制，但要注意增援后舰队会变为普通航行模式。
进入基地的舰队编组界面后，可以创建新舰队并为其命名。虽然系统提供自动命名功能，但手动命名更便于管理，比如用主力DPS或炮灰舰队等名称迷惑对手。每支舰队最多拥有300指挥值，升级到九级基地后可提升至400。舰船在舰队中的位置分为前中后排，但具体站位由舰船蓝图中的定位决定，无法手动调整。编组时要留意舰队详细属性，包括火力、舰船构成、移动速度和仓储容量等关键数据。
舰船按体型分为大型舰（战列巡洋）、中型舰（驱逐护卫）和小型舰（护航艇战机）。伤害类型包括火炮、鱼雷、导弹和光束，不同武器对舰船类型有克制关系。火炮对小型舰和无人机效果较好，鱼雷则擅长对付中型舰。编辑舰队时要考虑敌方舰队的构成，针对性调整舰船搭配。比如敌方若以护卫舰为主，可以多配置红宝石级等克制护卫舰的船型。
前排舰船会优先承受伤害，因此需要足够数量的防御型舰船互相掩护。当某艘前排舰船残血时，其他前排舰船会接替其承受伤害，建议前排舰船不少于6艘。中后排尽量选择高攻击高血量的巡洋舰，或高攻的驱逐舰和载机舰。可以通过增援指令灵活补充舰船，前排不足就增援ST59等肉盾舰，输出不足则增援战巡或航母。注意输出型舰队要保证移动速度，便于快速包夹敌人。
编辑舰队时还要考虑特殊功能舰船的配置。防空类舰船根据敌方空军情况决定是否加入，通常编入输出舰队为主力提供防空掩护。攻城类舰船可以单独编组高速拆家队，专门针对敌方建筑。维修船在游戏中后期作用有限，建议仅在攻击低级野怪或城防时编入主力舰队。记住舰队编辑不是一成不变的，需要根据战斗情况随时调整，多观察战报分析优缺点，逐步优化舰队配置。
