神兽的捕捉是游戏进程中的重要环节，需要玩家掌握特定技巧和策略。火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟作为经典三神兽，分布在不同地点且捕捉条件各异。火焰鸟位于1号岛灯火山顶，闪电鸟藏身于无人发电厂深处，急冻鸟则需在双子岛通过推石堵住瀑布后才能遇见。捕捉前需确保队伍中有克制属性的宝可梦，例如水系或岩石系对抗火焰鸟，地面系免疫闪电鸟的电系攻击。携带足够的高级球、超级球及状态异常道具（如麻痹粉、催眠术）是基础准备。
捕捉神兽的核心步骤分为削弱血量和施加异常状态两个阶段。首先将目标血量控制在红色危险状态，但需避免使用会触发反伤或自毁的技能导致神兽濒死。随后通过睡眠或麻痹状态提升捕捉概率，烧伤和中毒因持续伤害风险不建议使用。对战时间延长后，时间球的捕捉成功率会显著提升至80%，因此消耗20个普通球后切换时间球是常见策略。若捕捉失败，可通过存档读档（SL大法）重复尝试。
超梦作为剧情神兽，需在通关后前往华蓝洞窟底层捕捉，等级高达70且拥有强力超能力属性。建议携带恶系宝可梦免疫其精神攻击，或利用幽灵系抵抗超能招式。洛奇亚、凤王等二级神兽需通过特殊船票前往彩虹岛，在特定位置触发事件。迪奥西斯则需完成岛屿拼图谜题后方可出现，等级较低但技能组合特殊。这类神兽的捕捉需提前规划路线，确保队伍中有多属性应对方案。
除精灵球外，剩饭（通过寻宝机器在卡比兽睡眠处挖掘）可延长消耗战续航能力。大师球虽能100%捕获神兽，但正常流程仅能获取1个，建议保留给更难捕捉的目标。金手指修改虽可快速获得大师球，但会降低游戏挑战性。战斗中需注意神兽的逃跑机制，部分神兽如三圣兽（炎帝、水君、雷公）会在遭遇后随机移动，需使用快速球或封锁技能防止其脱离战场。
急冻鸟的冰系技能可压制龙系和飞行系对手，闪电鸟的电系招式能有效针对水系和飞行系阵容。超梦的高特攻种族值使其成为对战中的核心输出。培养时需根据个体值和性格调整技能搭配，例如为火焰鸟配置日光束弥补草系打击面。神兽的加入能显著提升队伍强度，但需注意联赛对战中的使用限制，部分赛事禁止传说宝可梦参赛。
捕捉过程中的细节优化能提高成功率。双子岛推石需按特定顺序操作，发电厂迷宫可贴左墙快速抵达深处。幽灵塔顶层的吉拉奇需躲避暗器机关才能接触。火焰山地形会持续造成灼伤伤害，需准备解状态药剂。这些环境因素要求玩家在探索时兼顾地形互动与队伍状态管理，最终通过系统化的准备与精准操作完成全神兽收集。
