完成一周目后，二周目将开启全新的收集挑战，主要集中在七岛探索、全国图鉴升级和神兽捕捉三个核心环节。玩家需要从枯叶市乘船前往一之岛，触发红宝石任务并升级全国图鉴，这是后续所有收集内容的基础条件。关键道具如彩虹通行证和船票将解锁七岛之间的自由移动，而灯火山、无人发电厂等特殊地点隐藏着火焰鸟、闪电鸟等传说宝可梦的踪迹。
二周目的宝可梦收集分为常规生物与稀有神兽两个层级。常规收集要求玩家在关都地区和七岛范围内捕获至少60种宝可梦以激活全国图鉴功能，其中包含需要通过特殊方式获取的宝可梦如化石复活种类。稀有神兽则分布在特定区域：火焰鸟位于灯火山顶层洞穴，闪电鸟在无人发电厂深处，急冻鸟需在双子岛通过推石解谜才能遇见，而超梦则需在完成七岛主线后前往华蓝洞窟。这些神兽的捕获需要提前准备高级球、大师球及对应属性的抗性药剂。
道具收集是支撑全图鉴完成的关键要素。在五之岛火箭队仓库获取的蓝宝石，与一之岛取得的红宝石共同构成通信系统修复材料，此步骤直接影响后续宝可梦交换功能的开放。技能机器方面，攀瀑（HM07）在四之岛冰洞获取后，才能抵达部分隐藏区域；碎岩（HM06）则在光辉之路的温泉洞穴内，用于开启岩山隧道等特殊地形。复活草、超级球等消耗品建议在挑战神兽前储备充足。
推荐队伍中包含掌握冲浪、攀瀑等秘传技能的宝可梦以应对复杂地形，同时配备不同属性攻击手处理野外遭遇战。在标记森林、变化洞穴等特殊区域，虫系与超能系宝可梦能有效控制战斗节奏。训练过程中可利用战斗探测器追踪已击败的训练师，通过重复对战快速提升等级。部分宝可梦如波克比蛋仅在五之岛特定NPC处获取，需预留队伍空位。
最终阶段的收集整合需要系统性规划。完成七岛主线后，返回关都地区可触发隐藏剧情，包括华蓝洞窟的超梦挑战和冠军之路的强化训练师对战。应检查图鉴完成度，针对缺失条目制定专项捕捉计划。遗迹中的未知图腾、珍宝海岸的隐藏道具等次要收集内容，可为整体进度提供补充。保存多个存档点能有效避免因意外失败导致的进度损失，特别是在神兽对战前务必存档。
